Вначале лета 1940 г. проблемы во взаимоотношениях между Советским Союзом и прибалтийскими странами продолжали усугубляться. ­Советское руководство внимательно отслеживало нарушения буквы и духа подписанных в сентябре – ​октябре 1939 г. договоров о взаимопомощи между СССР и прибалтийскими республиками.

14 июня 1940 г. в шифртелеграмме советским полпредам в ­Латвии, Литве, Эстонии и Финляндии В. М. Молотов изложил отношение советского правительства к деятельности так называемой Балтийской Антанты, оценив ее как нарушение пактов о взаимопомощи с СССР, заключенных осенью 1939 г. В адрес правительств Литвы (14 июня), ­Латвии и Эстонии (16 июня) были сделаны официальные заявления с предложением сформировать новые правительства, способные ­обеспечить соблюдение пактов о взаимопомощи с Советским Союзом, и ­разместить дополнительное количество советских воинских частей.

15–17 июня были заключены соглашения о размещении дополнительных контингентов советских вой­ск на территории Литвы, Латвии и Эстонии. 17 июня нарком обороны СССР С. К. Тимошенко представил И. В. Сталину предложения о создании Прибалтийского военного округа и подготовке его к возможной вой­не. Действия СССР находили понимание у многих европейских политиков. Так, 18 июня британский министр экономической вой­ны Х. Далтон в официальной беседе с советским дипломатом выразил «полное одобрение» советских мероприятий в ­Прибалтике.

С 17 по 21 июня в трех прибалтийских странах были сформированы новые, дружественные СССР правительства. Они назначили ­внеочередные выборы в парламенты и органы местного самоуправления, объявили амнистию политзаключенных, сняли запрет на деятельность коммунистических партий. В республиках проходили демонстрации в поддержку размещения советских вой­ск и прихода к власти новых правительств. В ряде случаев произошли столкновения демонстрантов с националистами.

14–15 июля состоялись выборы в Народные сеймы Латвии и Литвы и в Государственную думу Эстонии. 21 июля этими высшими законодательными органами были приняты декларации о вхождении прибалтийских республик в состав СССР.

3–6 августа 1940 г. Верховный Совет СССР принял законы о вступлении Латвии, Литвы и Эстонии в состав СССР в качестве союзных республик.